对于普通的转基因，表达的区域将取决于启动子。如果选择全身表达的启动子，如CAG、EF1α、CMV等将得到全身表达的转基因小鼠；如果选择一些组织特异性表达的基因的启动子，将得到组织特异性表达的转基因小鼠，如在AP2的promoter启动下进行表达，会得到脂肪组织特异表达的转基因小鼠。需要特别说明的是，转基因的策略是将转基因片段直接注射到小鼠的受精卵中，转基因片段将会在小鼠基因组中进行随机插入，因为是完全随机的，有可能会插入到一些抑制区导致转入的基因不表达，也有可能插入到一些增强区导致转入的基因高表达，通常会出现在小鼠基因组中多拷贝插入的现象。通过原核注射的方法得到的第一代转基因小鼠称为 founder（首建鼠），由于上述随机性，每一只founder都是不一样的，以每一只founder起源构建得到的可稳定遗传的品系称为line，不同的line之间的表达由于实际插入位点的不同和/或插入拷贝数的不同会有差异。首建鼠与首建鼠之间不应该相互交配。
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