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插入在N端还是C端要结合蛋白的结构域和蛋白的定位情况来综合考虑。插入位置尽量要避开蛋白重要的结构域,如果N端有分泌信号肽,可选择插入在基因的C端,但若实在需要插入在N端,可插入到信号肽的后面,但需要考虑插入外源序列后对信号肽切割效率的影响,此时可用 SignalP (http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/) 或类似的信号肽预测软件进行事先预测评估。
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